趁着刚发下奖励士气高昂，任思齐决定把编制再重新整理一下。现在岱山岛任思齐属下人数近五百人，有原来就追随的几十名船员，有主要由岱山百姓组成的一百乡兵，有从日本长崎招募的二百多明人移民，还有五十多名日本流‘浪’武士，可以说是成分复杂、人数众多。

    其人数远远超出了一个巡检司正常的编制，在明代巡检司多设在‘交’通要枢，远离城市之处，负责查问行人、缉拿逃犯等。当然在海岛上的巡检司一个重大的职能就是缉拿海盗。在舟山群岛，海盗众多，这也是岱山巡检司能够重建的原因。

    巡检司的编制通常是巡检一名，从九品，是刚入流的小官。另外会有书吏两名，弓兵数十人到百人。现在任思齐手下的人数远远超过了一个巡检司该有的人数。

    经过仔细思考以及和茅十八等人商议后，任思齐决定把手下分成两大块。一是水师，主要九条大船组成，职责是巡查岱山附近海面，打击海盗，进行远洋贸易。二是陆师，主要以晋‘玉’飞统领的一百乡兵构成、职责是防守岱山，配合水军打击海盗。

    水师共九条船，每条船确定编制，最大的一艘荷兰船“公主号”因为上面火炮众多，编制人数最多，共有60人，作为任思齐的新旗
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