其子莽骨速早逝，故由长孙13岁的林丹于1604年继承汗位，那时他年方13岁。尊号为“呼图克图汗“(明人译为虎墩兔憨)。林丹汗继位时，蒙古汗权不振已经很久了，漠南的科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯诸部各自为政，蒙古大汗只能支配辽河套的察哈尔部(分为浩齐特、奈曼、克什克腾、乌珠穆沁、苏尼特、敖汉、阿喇克卓特和主锡惕八个鄂托克)，仅被漠南诸部奉为名义上的共主。漠北的外喀尔喀更不承认蒙古大汗为共主，而漠西卫拉特仍然与蒙古帝国为敌。另一方面，东方的女真族正在努尔哈赤的领导下逐渐走上统一与强盛之路。因此，林丹汗早年的处境非常艰难。1619年秋，明朝派监军王猷带着四千两白银出使察汉浩特，在与明朝结盟之后，努尔哈赤便斩杀了林丹汗的使者康喀尔拜虎(后来硕色乌巴什逃回后金)。后金与林丹汗察哈尔部的关系宣告破裂。

    林丹汗要统一蒙古，不能不威胁到蒙古诸部封建主的利益，其中奥巴台吉领导的科尔沁部与林丹汗的察哈尔部关系最为紧张，同时与后金的来往日益密切，到1624年时干脆抛弃林丹汗，与努尔哈赤结盟。林丹汗率军征讨科尔沁，奥巴不敌察哈尔军，急忙派人向盟友后金告急。努尔哈赤亲率贝勒大臣驰援，抵镇北堡后
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