然头两年朝廷的财政已经拮据到了没有一分拨款，没有扩大海军的规模，不但没有扩大，而且相对来说缩小了很多，但孙元化却找了一个强军之路，比如说孙元化本身就是铸炮专家。他带着他的科研团队，直接造出了当时最先进的战船用大炮，在孙元化的努力下，山东的水军已经有了不下二十条炮船，这样的炮船，放眼当时的世界也是最先进的了。

    但孙元化的结局也是可悲的，当年孔有德部东进围登州，登州告急，而在此防守的孙元化仍相信自己能招抚孔有德，疏于防范。孔有德乘机让部下300余人诈降，混入登州城，与在城里的耿仲明等密谋策划，并趁夜间人们熟睡之时，里外夹攻，占领了登州城，活捉了孙元化及明守备宋光兰、分巡道王梅等官员。总兵张大可坚守水城数日，终因寡不敌众，水城陷落，张可大杀死妻妾后自尽于太平楼。孙元化不久逃回天津，被明政府处死，余大成也被罢免。

    不过现在情况已经不一样了，由于自己替换了关宁铁骑，因此，将两年后才调入山东参加平叛的关宁吴襄提前到了今年，尤其自己还给他备了海船，在海上直接杀到了山东，因此孙元化也就摆脱了他被杀的宿命，开始平平安安的继续坐在这个登莱巡抚的位置上，负责水师的登莱总兵也就没杀
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