斐迪南在阿拉贡剥夺所谓异端财产的敛财工具，杀人冤案无数，引得民众不断反对。所幸，也许是不幸，1485年一名宗教法官在祈祷时被一名不堪阿拉贡异端裁判所迫害的改宗犹太人刺杀，被人们视为圣徒。因而阿拉贡主流民意转向支持异端裁判所。

    引发争议的是1492年驱逐犹太人和1502年驱逐摩尔人的举措，后者干得漂亮，在欧洲，和平教徒还是越少越好，和平教也不是一无是处，但是还是别跟欧洲本土居民混在一起，后世已经提供了宝贵的反面教材。

    但是马上就要发生的1492年3月下令不皈依基督教的犹太人必须离境的事情马上就要发生，这个事情让斐迪南犯了难。1492年以前，公开犹太教信仰的犹太人并未受到迫害，相反许多改宗犹太人受到审查，怀疑他们是否假装皈依(这种情况确实多有存在)，但是改宗犹太人很多都在西班牙财政部门中占据重要地位，高到女王的财政顾问，低至小镇的税吏，不少小镇的税吏全是改宗犹太人，瓜达卢佩城一度有十分之一是改宗犹太人。

    犹太人并不足以撼动西班牙的根基，但是！斐迪南担心他们对美洲的殖民地的威胁！历史上，西属美洲殖民地基本上被牢固控制在西班牙政府手中，犹太人影响力不大
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