和不服从命令的海军军官，包括5艘军舰的舰长。还有，布吕埃斯拒绝接受3个月的修整期，坚持要经过6个月的修整之后才能出海征战。训练成千上万强征入伍的水兵是一件麻烦的事。舰队的纪律必须得到维持，布吕埃斯据理力争，现有的对整个舰队中普遍存在的不服从军纪的军官和水兵的惩罚条例过于宽松。革命中诞生的军事法庭陪审团制度应予以取消，应赋予舰长更大的权力，“包括在战争中有权对怯弱者处死的权力”。至于临阵逃脱的水兵，必须“就地予以正法”。对动摇军心者更应严惩不贷。“我们面对着舰只数量3倍于我们的强大而训练有素的敌人，”他用非常逆耳的语言对巴黎的海军领导总结道，“我们打算进行的战役，对我们是有决定x的。要么我们的海军蒙受耻辱，要么我们成为欧洲最强大的海军力量。归根结底，整个远征的胜败取决于压倒对手的制海权。”

    除了海军舰队的组建混乱无序，还有一些非常奇怪的延误因素。例如：拿破仑总司令还要带上法文、希腊文和阿拉伯文的排字模板，远征军里还编入了大量学者，包括天文学家、数学家、博物学家、地理学家、化学家、建筑师、各种东方语的翻译、道路和桥梁工程师，甚至还有一位热气球专家以及一位才艺出众的艺术家。

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