购买大量军火武器，向地中海沿岸大规模集结兵力，抢修和建造船只，以及强迫征用200艘以上的民船；但是，直到1798年4月12r，督政府才正式签发命令。在卢森堡宫，督政府将这支军队定名为“东方军”，任命“公民拿破仑、现英格兰方面军司令”为东方军统帅；同时下达命令，确认拿破仑率领的这支军队将“进攻埃及并占领这个国家”；同时，命令他“将英国人从他们在东方所占领的地方或其他地方驱逐出去……摧毁他们在红海的商业基地”。他必须“切断（保障）苏伊士运河，采取一切必要手段确保法兰西共和国在红海的利益”，　同时“要和土耳其苏丹保持良好关系……”

    在对奥斯曼帝国的领土作毫无理由的入侵辩解了一番之后，督政府抱怨控制埃及政府的马穆鲁克“与英国有着密切的联系”，并愈来愈依靠英国。其结果，马穆鲁克“对法国人民充满敌意并以恐怖和残忍的手段反对法国人民，每天都对他们寻衅滋事、掠夺和杀害”，因此法兰西共和国迫不得已，只有“全线追捕共和国的敌人”。命令最后说：英国已经完全控制了好望角，法兰西共和国别无选择，只有打开通向“印度”的另一条通道。第三道命令指示拿破仑：基于马耳他对法国人的仇视，以及5年前马耳他拒绝承
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