十世纪起改信伊斯兰教并译为“畏兀儿”之外，如今又吸收了蒙、汉、藏等民族成份，逐渐发展为近代维吾尔族，十四世纪初期，察哈台汗国开始分裂为东、西两部，东部包括喀什、吐鲁番一带，西部以撒马尔罕为中心，统治帕米尔高原以西地区，今天的新疆绝大部分地区在东察合台汗国统治之下，明朝建立后，西域即今新疆仍然在东察合台汗国统治之下，明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国（一五一四到一六七八年），直到清朝初年才被由瓦剌演变而来的漠西蒙古所灭，所以，明朝时期，西域地区并没有直接归明朝中央政权管辖，但却在我国境内的少数民族蒙古族的一支统治之下。

    元、明时期对西藏的管辖，众所周知，元朝设置宣政院管理西藏地区军政要务，这是西藏正式纳入我国版图的开始，元朝还在西藏直接建立地方军政机构，名为“宣慰使司都元帅府”，隶属于宣政院，并驻有军队，进行人口调查，派遣繇役，征收赋税，明代称西藏为“乌斯藏”，洪武时，明朝在西藏设立两个都指挥使司，即乌斯藏都指挥使司及朵甘卫都指挥使司，又设有指挥使司、宣慰使司、招讨使司、万户府、千户所等机构，综理军民事务，永乐时，明朝还修了从雅州（今四川雅安）到乌斯藏的驿道，设置了驿站
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