数码宝贝搭档拯救数码宝贝世界和人类世界的故事。1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水，美国则遇到有史以来最寒冷的冬天，日本则突降大雪。八神太一和他的伙伴们一起参加了夏令营，却神奇地被神秘地送到了一个多彩的数码世界。而且无数的谜团出现在被召选的少年面前。现在冒险已经开始了！传说当数码世界被黑暗笼罩之时，被选召的孩子来到数码世界，和不断进化的搭档数码兽经过不懈的战斗，先后打败了法易路岛的恶魔兽、沙拔大陆的猿猴兽、入侵现实世界的吸血魔兽。究极吸血魔兽击破后，现实世界天空出现了异变，孩子们又回到数码世界，先后遇到了控制海洋的钢铁海龙兽、控制森林的木偶兽、控制城市的机械邪龙兽、操纵黑暗的小丑皇，在冒险中被选召的孩子们得到不断锻炼，最终在八个孩子的努力下和数码兽们的帮助下打败了四天王。但是他们的敌人却是来自火墙另一边的启示录兽，一个暗中操控一切的怪兽，其实力之恐怖令孩子们不寒而栗，粉碎了数码兽们藉以进化的徽章、并分解了他们的数据资料。但是孩子们最终找回自信、使得自己内心特质
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