堂得以保留。

    京师大学堂是当时中国最高学府和最高教育行政机关，因此很多学者（如胡适、冯友兰、季羡林等）认为，北京大学是中国历代太学（国子监、国子学）的继承者，是古代最高学府在现代的延续，甚至认为北大校史应从汉朝太学算起；另一方面，北大又是中国近代正式设立的第一所大学，是中国近现代高等教育划时代的开创者，故有“上承太学正统，下立大学祖庭”之说。

    1900年，义和团运动爆发，京师大学堂遭到破坏。1900年8月3日，清廷下令停办京师大学堂。八国联军打入北京后，京师大学堂遭受破坏。

    1902年12月，晚清政府委任吏部尚书张百熙为管学大臣，“责成经理”京师大学堂，京师大学堂得以恢复。吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习，严复和林纾分任大学堂译书局总办和副总办。创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆也并入大学堂。12月17日，京师大学堂举办开学典礼。根据学制，不同程度的毕业生分别授给贡生、举人、进士头衔。

    1903年，增设进士馆、译学馆及医学实业馆。

    1904年，京师大学堂管学大臣改为总理学务大臣，负责统辖全国学务，并另设京师大学堂总监
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