忍者集团一心为德川幕府服务，并立下了很多功勋，但仍为德川家诸将所忌，是以曾有人建议设计让甲贺和伊贺两家自相残杀，最后一鼓剿灭，德川家康一开始曾依计而行，而后因担心杀戮过甚，消息传出引发动荡，毕竟忍者的势力在这两地很是强大，是以半途中止了该计划，没有对甲贺和伊贺斩尽杀绝，而甲贺和伊贺经此一役，元气大伤，两家首领也意识到和平时代来临，不应该再卷入无谓的争斗，是以率族人安心隐居，只有极特殊的情况，或是受幕府雇佣，才会派极少的人重操旧业。

    明治维新以后，忍者基本退出了历史舞台，但由于甲贺和伊贺离京都过近，加上历史上曾经极为活跃，明治政府还是希望将其彻底铲除，只是一直没有机会，而西南战争中有甲贺忍者参加了萨摩军作战，则给了明治政府以整治忍者的口实，在俄军到来之后，不少俄军在战斗中为萨摩军中的甲贺忍者所杀，明治政府向俄军司令部通报了相关情况，俄军于是不但对甲贺忍者大开杀戒，连一直安分守己并未参与战事的伊贺忍者也一并收拾上了——俄罗斯民族嗜血成性，对于这样可以公开杀掠的事是绝对不会放过的。

    面对俄军和明治政府军的残杀，伊贺忍者集团忍无可忍，奋起反抗的同时，决心加入萨摩军，
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