方才稍稍平息了日本民众的怒火。而在此这后俄军虽有所收敛，但在交战区，残害民众的事仍是经常发生。以至于大量的民众要么出海逃亡外国。要么躲进了深山之中。在西南战争结束后。仍有为数很多的民众躲在山林中不敢回家，以至于日本政府不得不专门派人进山搜索，劝导民众返乡。

    西南战争后，为了彻底清算鹿儿岛为首的反政府士族，日本政府在九州设置了临时裁判所。据统计，被判刑者62764人，其中斩首7022人，十年徒刑6131人。七年徒刑5411人，五年徒刑4126人，三年徒刑6380人，两年徒刑11183人，一年徒刑5013人，拘禁百日12130人，七十日拘禁21459人，三十日拘禁6018人，剥夺士族身份45242人，棒锁632人。交保赎罪12420人。而宣布无罪者为32449人，免罪40349人。宣判前死亡2047人。由于日本政府严厉对待九州地区曾经参加和同情西乡垄叛军的人，至使九州地区的民众长时间对政府充满怨恨，哪怕是在西南战争结束后，为了抚平战争的创伤，由明治天皇的皇后一条美子发起成立的“战争遗族抚慰会”对九州地区的民众进行抚慰，也不能抹平九州民众的内心创伤，而这种情况，一直持续到了乾日
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