司、都指挥司三司，原来三司执行的职权便由南京六部负责，其中又以南京户部、南京兵部的权力最重。

    这也意味着，一旦朱慈烺去了南京，立马就能复活出一套除了内阁以外的完整行政班子。

    比如南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮（此四地所交税粮几乎占了明帝国的一半），同时还负责漕运、全国盐引勘合（明朝从始至终，南京户部一直负责这一事务，其中只有2年南京户部不负责这个事务：正德三年，刘瑾变法，由中央户部负责，“南京引板，俱令销毁”。但在正德五年，刘瑾被诛后户部奏请“刷印盐引，仍隶南京户部”，获得批准。此后一直未变）及全国黄册的收藏和管理（存于今南京玄武湖）。南京户部侍郎因此经常兼任总理粮储。

    南京兵部负责南京地区的守备。南京地区的49个卫，都隶属南京兵部尚书指挥。南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务。

    南京吏部负责南京地区官员六年一度的京察考功，北京吏部不得干涉。

    南京刑部负责南京诸司、公侯伯府、京卫所的刑名，明史上刘瑾就曾经因为南京刑部尚书吴洪依法断案不合其意而矫诏令其
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