管天京之变是以比较和平的方式收场，但造成的后果还是相当恶劣，首先就是手握重兵的石达开根本不敢相信杨秀清的示好诚意，迟迟不肯返回南京与杨秀清当面和解的同时，还下令召回了正在围攻徐州的军队，全面退守淮水防线，给了北线清军更多的喘息机会，军心士气也受到了严重影响。

    僵持了许久后，还是在洪仁玕的不断来回奔波劝说下，还有在杨秀清主动派人把石达开之母石周氏送到了石达开军中表示诚意，以及详细了解了南京城中的目前情况后，石达开这才终于相信了杨秀清的和解诚意，重新回到南京城中与老友杨秀清及洪秀全见面，冰释前嫌的同时，也表态愿意继续接受杨秀清的号令指挥。还算能够汲取教训的杨秀清则也当面向石达开和石达开的岳父黄玉昆谢罪，又封了石达开为翼王八千岁，大为缓解了与石达开之间一度无比恶劣的关系。

    很可惜，碎过的瓶子就算粘补得再好，裂痕也永远不可能消失，此事过后，杨秀清和石达开之间还是存有了互相猜忌之心，只是因为恶劣的形势而被迫深藏心底，暂时继续联手合作。还有其他地方的太平军在收到了消息之后，也不可避免受到了严重影响，本来就大为放慢的扩张势头更加受阻，多条战线还因此被迫收缩，一度占据上风的
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