7年之後，虽然成绩名列前茅，但他却在尚未毕业之前便退学，并前往哈佛大学就读。他在这个时候逐渐成名，与许多重要的交响乐团一起演奏。这段期间马友友录制并演奏了巴哈的《大提琴组曲》（Cello Suites）。同时也经常与他在音乐学院时期所结交的好友钢琴家伊曼纽尔.艾克斯（Emanuel Ax），合作演出一些室内乐。

    1997年，马友友费时多年完成一项将巴哈无伴奏大提琴组曲结合多种表演艺术的创新诠释。内容不仅包含他本人在世界各地音乐会演出、巴哈无伴奏大提琴组曲重新录音，更重要的是以“巴哈灵感”为题的内涵。演出共分成六部影片(六部组曲各一)，以巴哈的音乐为出发点，再各自与马友友所激发的灵感结合，和不同领域的艺术家(包括花式滑冰好手托薇儿与狄恩、花园设计师梅瑟维、导演伊果杨和吉拉德)创造出新风貌的巴哈。影片在“公共电视台”及全球各大电视网播出，获奖无数，包括两项艾美奖、加拿大双子星奖16项提名及许多国际影展大奖，由新力古典发行录影带。

    为发展大提琴演奏曲目，他时常演奏20世纪较不为人知的大提琴曲，许多现代作曲家皆为他量身订做新乐曲。曾为多位作曲家的新作首演，其中包括艾
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