典型肺炎的传播、发病特征和临床治疗经验都不支持“衣原体”感染的结果。在接受记者采访时他表示震惊：“怎么可能是衣原体？我们用了那么多抗衣原体的抗生素怎么会一点效果都没有？”在两例死亡病例的肺组织找到衣原体，只能证实这两个病人携带了衣原体，并不能证实衣原体是致病原因，更不能代表广东全部305个病例(当时公布的最新病例数是305例)。甚至还尖锐指出，中国疾病控制中心没有征询广东临床专家意见就急于宣布结论，是非常草率的科研态度。

    卫生部和广东的病原体之争就此开始，2月19日中午，中央电视台播出的国家疾病控制中心主任李立明的访谈，他推荐了几种对衣原体有效的抗生素，并强调对这种衣原体肺炎的治疗要全程、足量使用抗生素。但事后很多人都知道，他推荐的几种抗生素对非典完全没有丝毫疗效。

    2月26日，国家疾病控制中心首席专家洪涛院士再次向广东报告，在送检的10份标本中检出衣原体阳性，其中1份呈强阳性，特效药是利福平。这个结论在广东医疗界又引起一次轩然大*。当时已经收治了大量非典型肺炎病人的广州市胸科医院原本就是收治结核病人的专科医院，利福平是抗结核病的特效药，有结核病人就是在用利
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