机关的各种机构也转变为公立机关，幕府的制度也进行了整顿。

    在地方上，延续了战时的守护、地头制。

    在日本全国各地的庄园内，以一国一人为原则，任命有力的御家人为守护。

    守护最初也称为总追捕使、奉行人，后来才逐渐统一为守护这个职位。

    守护的职责称为“大犯三条”，主要是率领管下的其它御家人警固各大番役、检查和搜捕犯有谋反、杀人等重罪之人。

    此外，守护还要处理管内社寺、驿路的事务，指挥和监督大番役以外的御家人平日的勤务，传达幕府的法规、任命御家人等。

    地头则由御家人担任，是幕府派驻在庄园的代表，任务主要是检察、征税、管理土地等。

    地头分为本领安堵地头和新恩地头。

    本领安堵大多是原来的大庄园主，他们对所领具有名主、地头两重支配权，庄园农民与他们有更强的隶属关系。

    新恩地头是为镰仓幕府立战功的御家人，镰仓幕府将没收的平氏土地赐予他们，成为一方的新恩地头。

    新恩地头为了巩固自己的在地权力，以地头职和给田为根本，以幕府权力为依靠，加强了对农民的支配。

    
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