明军“鹰子嘴”号先开始向葡萄牙船“帝国”号射击，然后再去进攻“新果阿”号，一个半小时后，“新果阿”号乘员死伤156人，这艘巨型的四层甲板战舰遂开始下旗投降了。

    对于在这艘船上的景象，明军“鹰子嘴”号上的船员艾从金说：“我踏上这艘大船去收容俘虏，其死伤人数在一百五六十之间，到处都是人的血肉，甲板上堆满伤兵，有的没有脚，有的没有手。”

    明军“屈原”号接着也跟上来了，其后面是“宋玉”号和“楚庄王”号。后述两舰夹击“帝国”号，下午2时5分，阿尔梅达终于坚持不住，下令“帝国”号降旗投降，阿尔梅达成了明军人的俘虏。

    在其舰上的惨状，“楚庄王”号上的明军伍长记载：“到处都是死尸，景象非常之凄惨。死伤总数在一百人以上，多数尸体没有脑袋。”

    在“碾盘山”号开始作战40分钟后，明军“文峰塔”号才开始作战，而“汉江”号还要更迟。“旧口”号、“罗集”号在与舰队失去联络后，也都相继赶到参战。当阿尔梅达降旗投降时，柳铁塔纵队中的最后两艘船，“宗家湾”号和“包家畈”都还不曾参加战斗。

    果阿加海战的最后阶段是葡萄牙将领西门的反攻，西门的支队
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