卡洛一世维持了对西西里王国半岛部分，被后世称为那不勒斯王国的部分直至其驾崩为之，其后裔也一只固守这一部分，并和佩德罗三世的后裔展开了对西西里王国的控制权的争夺，也就是西西里晚祷战争。双方曾于1302年达成和解，但很快有战端又起。整个西西里王国的领地直到1442年才再次被西班牙的阿拉贡人统一。

    由于教皇乌尔班四世导引法国安茹伯爵入主两西西里。但1282年，西西里人民爆发了“西西里晚祷起义“，驱逐并杀死了所有法国人。据怀疑是阿拉贡国王曼弗雷德的女婿佩德罗捣鬼。此事不得而知。后来西西里人民就拥立佩德罗即位。为佩德罗一世。至此两西西里分裂。安茹王朝名义上拥有两西西里，但实际上只占有那不勒斯。

    1435年，安茹王朝让娜二世卒。安茹王朝绝嗣。乔安娜的义子阿拉贡国王阿方索五世与安茹公爵贤人勒内争位。1442年，阿方索击败勒内，取得王位。1462年，阿方索之私生子费迪南德彻底击败勒内之子约翰，巩固了王位。从此出身阿拉贡王室的君主控制了两西西里。另外阿方索死后，费迪南德只拥有那不勒斯。西西里和阿拉贡给了其弟约翰胡安。两地再次分开。1501年，西班牙国王斐迪南和法王路
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