，战死约有164人，因水土不服而过世者达4,642人。　军夫有7,000人死亡的损失。罹病住院者计有26,094人。不过这个数字显然不合理，一是阵亡与病亡的比例太过悬殊，二是阵亡人数与战事进行的时间不匹配。但无论怎样，日本在乙末战争中的损失都要大于甲午战争。

    北白川宫能久亲王（1847.4.1—1895.11.5）日本皇族，将领，伏见宫邦家亲王第九子，孝明天皇养子，生于京都，曾赴普鲁士留学，曾任中将近卫师团长。日本官方公文称：攻下台南后一周，北白川宫能久亲王因感染疟疾，于11月4日返抵东京后（横须贺上陆），隔日病死于自宅。

    据台湾文史研究者黄荣洛考证：北白川宫能久亲王在新竹牛埔山即已中弹身亡。当时其弟伏见宫贞爱亲王刚好率兵至台支援，日军于是隐瞒北白川宫死讯，以其弟伏见宫作为替身南下。贞爱亲王在彰化、虎尾、嘉义又迭遇险境终受重伤，日方为了保密，继续将其以能久亲王的身分在台南由担架抬上船，让台南目击民众以为能久亲王重病回国，而北白川宫能久亲王在名议归国之后既宣告死亡。

    后来日本在台官员在北白川宫能久亲王死亡之地牛埔山立了御‘露’营纪念碑，和别处的纪
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