而朝廷军源颇广，燕军于河北、山东一带所攻下的城邑，兵回后又为朝廷兵所据。同年底，有内臣自京师告密，朱棣知南京空虚可图，决计改变战略，于四年正月率师南下。四月，连破何福、平安师，五月克泗州、扬州。建文帝遣庆成郡主至燕师，乞割地求和，燕王不许。六月，江防都督陈瑄以舟师降燕，燕师渡江，下镇江，直*南京。谷王朱橞与李景隆开金川门降燕，南京城陷，宫中火起，朱允炆不知所终。

    朱棣攻下南京后，在拒绝了他的支持者们反复几天的劝进之后，于1402年7月17日即皇帝位，但不是继承朱允炆的帝位，而是继承明太祖朱元璋的帝位（废除建文年号，建文四年改称洪武三十五年）。下令大索齐泰、黄子澄等建文朝臣五十余人，榜其名曰奸臣，实行族诛之法，族人无少长皆斩，妻女发教坊司（充当*），姻党悉戍边。朱棣还令尽复建文所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。

    此役是明初围绕皇权斗争日趋激化的必然结果。朱棣以强藩起兵夺取皇位后，北方不再有强藩存在。遂继续实施朱允炆的削藩政策，并改革中央行政机构，建立厂卫，继又迁都北京（见永乐迁都），使中央集权得到进一步加强。
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