阴百姓抗清的消息传开以后，清常州知府宗灏派兵丁三百人赶来镇压，闰六月初五日被江阴义民歼灭于秦望山下。其后江阴军民在陈明遇的带领下又多次打退小股清军的进攻。同时严查城中奸细，宣布有能检举、抓获奸细的人，赏银五十两。处决了私通清朝的原县令方亨以及众多出卖情报、有投敌企图的奸细，有效的遏制了江阴内部的崩溃。

    闰六月二十一，清贝勒、大将博洛统重兵包围江阴城，二十四日，清军作招降书一纸，从东城外射进。江阴军民公议后，回书拒绝。清军见劝降无效，便四处捕杀城外义兵，企图断绝城内军民外援。七月初一日，开始攻城。城中严密防御，清兵箭如雨注。

    陈明遇当了半辈子不入流的典史，当江阴人把拒剃抗清的领导重任交付他时，他主持了几方面的工作：奖励忠勇之士；处死方亨及其家人，以绝内应；针对清军将领刘良佐的劝降，回复了一封豪气干云的信—如果清政府坚持剃发，“纵百万临城，江阴死守之志已决，断不苟且求生也”。

    陈明遇是一个有自知之明的人，他的长处是厚道，与人为善，是一个值得信赖的忠恕之人，短处则是缺乏领导才能，尤其是军事领导才能。大敌当前，他想起了另一个人—阎应元。

    
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