佐助顺利通过预选赛，并为即将到来的正式考试作准备。鸣人得到木叶三忍之一的自来也传授忍术，而佐助则是受到卡卡西的专门指导。但与此同时，大蛇丸正在暗地里酝酿着阴谋，那就是联合砂忍者村一同袭击木叶。

    鸣人在正式考试的第一场击败了人称天才的日向宁次，向大家证明了自己的实力。但在考试中途，音忍和砂忍们开始向木叶忍者村发动攻击，考试也被迫中止。大蛇丸向第三代火影发起挑战，在一场激战过后，第三代火影战死，而大蛇丸也付出了失去两只手臂的代价，被迫撤退。鸣人则与砂忍者村派来的“兵器”我爱罗交手，并打败了我爱罗。

    木叶忍者村由于大蛇丸的阴谋而受到极大的损伤，就在此时，已经叛离木叶的宇智波鼬突然现身。鼬是佐助的哥哥，曾经将一族的人们全部杀光而离开村子，这次他与雾忍者村的干柿鬼鲛一同来到木叶，似乎是以鸣人体内的九尾作为目标，并且是受到名为“晓”的组织的命令。佐助得知鼬回到村子，向鼬发起挑战，但却遭到惨败。此后，自来也为了寻找新任火影的候补人选纲手，同时也为了帮助鸣人修行，而和鸣人一起外出寻找纲手的下落。

    大蛇丸找到纲手，希望她能治疗自己的双手，并提出可以让她再次见到她
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