木叶忍者学校建立于五十年前，也就是木叶村建村十年左右的时候，由木叶村总设计师二代火影千手扉间创立，在一开始只是一个没有名字的小型教育机构，直到数年之后，才慢慢加入军事及内政部门，并且被正式命名为忍者学校。
    千手扉间创立忍者学校的时候正好是战乱时期，由于战争的再一次爆发，大量的成年忍者在战争中死去，木叶村变得青黄不接，出现可用人手极度匮乏的情况。于是，为了更快也是更有效率地培养出足够的忍者去填补木叶村人手残缺的现状，他创建了这个能够同时容纳家族忍者和平民的忍者学校。
    在当时的那个年代，忍者学校的建立可以说是具有划时代的意义的。
    和五十年后的今天不同，在当时的社会背景下，几乎没几个平民忍者，大多数忍者都是家族出身。
    只有各个忍者家族才拥有培养忍者的物质资源和知识资源，他们垄断了能够成为忍者的途径，将忍者阶层与平民阶层完全分割开来，划分为两个不同的世界。那时候，只有少量的平民会幸运的被某些忍者看中，从而获得改变命运的机会，而大多数平民一辈子都像是自己的父辈一样，只能够永远躲在忍者的保护之下生活。
    但是忍者学校的出现改变了
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