还没有发展多长时间的晓组织，遇到了每个组织在发展过程中都会遇到的问题，那就是资金的缺乏，目前晓组织的资金来源仅仅是组织成员的任务薪酬，这其实也是每个忍村的主要的资金来源，但是那些已经成了规模的忍村除了忍者任务的抽成之外，还有他们各自国家的大力支持，光靠忍者的任务薪酬是支持不下去的。但是关于这一点，晓组织并没有其他势力的支持，所以关于资金的问题就比较突出了，而且就算是忍者的任务薪酬，晓组织也没有将这部分的潜力完全发挥出来，这也是晓组织资金缺乏的一个原因。
    至于另一个问题，说明了在其他有任务需求的组织和人没有想到过晓组织，说明晓组织在雨之国乃至整个忍界中声名不显，没有名声，对晓组织来说有好有坏，好的一方面就是那些大的势力不会注意到晓组织的存在，对于晓组织的发展壮大有一定的好处，但是随着晓组织的发展，这个情况也为他们带来了不利的影响，就是任务来源不足，有的，甚至可以说晓组织大部分的忍者还要从地下交易所中领取任务，这一点对于晓组织的发展来说是非常不利的，
    第三个问题就是平民的问题，由于晓组织理念的实行，以及弥彦对于组织里忍者的教育，随着忍者们慢慢接受了这种理念，
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