岁考等方式慢慢淘汰不合格的生员，不断裁减学额。
    书院并非官学，一般是一些颇有儒名、文名的知名人士开办的私学。这些享受着国家优待的秀才们，官办的府学、州学、县学不去上。却都纷纷慕名投奔到各书院去读书。
    这些书院，除了教这些学生读书之外，更是在书院中针对国政、时事大加议论。甚至一些致仕的官员和在位的官员，也经常被邀请到这些书院中去讲学，利用这个舞台发表自己的一些政治观点和主张。
    一时之间，书院空谈国事之风盛行。很多针对国政时事进行批评的言论都从这些地方发源。书院的这些行为，给作为执政实政者的张居正带来很大的困挠。以至于后来张居正在万历七年的时候不得不采用了取缔捣毁书院的极端政策。
    在这个时期的书院之害，万历心里非常的清楚。后世出名的东林书院培养出来的都是一群什么样的人。任何政策都不可能是完美的，都会一定的弊端存在。光会放空炮，批评这个，指责那个，空谈国政，当个批评家谁不会呀。最后发展到极端更是非我同类，不是我主张的即抱团反对，根本不管是非对错。
    而针对秀才这一群体在基层把持舆论，胁迫官府，包揽诉讼说项等行为，张居正则拿出了”天下利
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