少卿等文职官员参与督运。至景泰二年，朝廷认为文官的参与必须常态化，所以奏请皇帝设立了漕运总督，并将原先的漕运总兵府改为总督府。
    漕运总督长长的头衔中，提督军务这一条可是相当厉害。这就是说可以和其他各省的总督一样，拥有一定的兵权，并且漕运总督麾下兵马真是不少，名义上总督麾下足有两万余战兵，还有人数多达十二万的运军，就是跑船的这帮漕军。
    漕运总督统领颍州兵备道、徐州兵备道、淮扬海防道，中都留守司之凤阳等7个卫，洪塘守御所，南直隶之庐州卫、扬州卫、高邮卫、仪真卫、滁州卫、徐州卫、淮安卫、大河卫、邳州卫、沂州卫、泗州卫、寿州卫、宿州卫，海州中守御所。所以漕运总督人称为帅、大帅、漕帅，他设有军门，有中军，左营、右营、城守营。他所在的淮安城的守卫，不须地方zhèngfu如山阳县、淮安府的来管，而是由漕运总督署城守营负责，地方官府只是协助而已。有战事还可调动所辖范围内的军队，如扬州营、徐州营等。
    总督的权限包括督理钱粮、操练兵马、修理城池、抚安军民、禁革奸弊等事项。如有战事发生，可以选将调兵，组织备战。对于才能不济或是不听命令的官员，文职五品以下，武职四品以下，都
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