后期任命总兵官的敕书一般要求将领与督抚商议军机而行，或者明言受督抚节制，但是毛文龙的敕书直书“便宜行事”四字，这在当时是个特例，又有尚方剑在手，事实上已握有专杀和便宜行事的大权。
    毛文龙大权在手，逐渐逾制，扩张权力。
    首先是违制夺巡按、御史之权举劾文武官员。
    《明熹宗实录》卷30天启三年正月载督饷御史江日彩疏言“援辽总兵毛文龙孤臣势处艰危一疏，将征东将士、海委运官，效按臣报命之典，人列四六考语，特疏举刺，甚至朝鲜君臣与夫宰执、经略、督饷、部院、司道、主事、登莱巡抚、海防各道以及于臣，无不人列姓名，褒荐无漏，臣不胜骇异。举刺大典，非武帅可操，坏法贻羞，所伤不小。乞垂谕戒”。旨下该部知之。
    又《两朝从信录》卷23载，天启四年七月，毛文龙呈进地图，并陈战守粮饷军需事宜，得旨“本内保举官员甚众，以后不系军中紧要事情，不得轻议”。
    《崇祯长编》卷5崇祯元年正月丁卯载，“毛文龙镇东江，请得举劾文吏，昌言揭争非制，文龙憾之，乃造蜚语中司饷同知翟栋。栋被逮，昌言发愤呕血卒”。
    而《牧斋初学集》卷53《山东青登莱海防督饷布政使司右参
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