由崧即位，钱谦益惧得死罪，上书给马士英歌功颂德，马士英遂推荐钱谦益任南明弘光朝廷礼部尚书。
    钱谦益力荐阉党阮大铖为兵部侍郎，此时，东林党预谋立潞王事被揭发，马士英尽诛东林党诸人，但放过了参与人钱谦益。
    1645年的5月，鞑虏大兵近逼南京。
    兵临南京城下时，钱谦益率诸大臣在滂沱大雨中开城向鞑虏大军统帅多铎迎降。
    鞑虏强盗集团任其为礼部右侍郎管秘书院事，充修《明史》副总裁。
    1648年的四月，钱谦益因黄毓祺案被株连，囚南京狱。
    后来经过小妻子柳如是的多方奔走而出狱后，被管制在苏州，寄寓拙政园。
    在1649年，那时的汉唐集团刚刚占领台湾热赤大城时，他从苏州返回常熟，表面上息影居家，暗中与西南和东南海上反清复明势力联络。
    曾致书南明小朝廷的桂王政权在桂林留守的瞿式耜，以“楸秤三局”作比喻，痛陈天下形势，列举当务之急著、要著、全著，并报告江南鞑虏大军将领动态及可能争取反正的部队。
    瞿式耜得书后，曾经上奏桂王说钱谦益“身在虏中，未尝须臾不念本朝，而规划形势，了如指掌，绰有成算”，“忠躯义感溢
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