情处理以后一般就回京复命了，巡抚在当时就是个临时的钦差大臣，是个京官，任务就是到处救救急，到了后来地方上类似的事情太多了，巡抚到了以后短则几个月，长则一两年，后来朝廷索性就常设巡抚，以后为定例，以前三司是地方上最大的官了，现在三司上面又加了一个巡抚，随着国力的下降战乱越发频繁，即使朝廷外派了巡抚，很多问题依然没有得到解决。
    因为巡抚只能管理一个地方的行政军事，比如浙江的巡抚就不能管理福建的事务，遇到了跨地域的军事行动，两省的巡抚意见又不统一了，来回扯皮，比如像倭寇侵略浙江福建沿海地区等这样的事，相互推卸责任，朝廷被逼的又没辙了，于是比巡抚更大的官员就出现了，就是总督，总督的等级又比巡抚高一级，这一下子地方上设立的三司，权利再次被架空。
    有了总督以后，巡抚就是第二了，三司得地位就更低了，基本就没有什么权力了，顺着战乱不断，两广设总督后，慢慢的总督就成定制。那么有了总督以后，貌似问题就解决了，但是还是没有，起初像倭寇袭扰沿海这种局部战争，总督权限差不多就够用了，到了后期，各地农民起义不断爆发，辽东战争如火如荼，牵涉的都是五、六个省，那么这时往往就有好几个总督，谁也领
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