主角穿越到神奇宝贝的世界，开始了他的第一次神奇宝贝之旅。在这里他遇见了许多的新朋友，包括原主角小智。他获得了许多强大而又珍稀的神奇宝贝，一步一步走向冠军之路，甚至要超越小智。