我是高中生侦探工藤新一，被一个神秘组织成员强灌毒药后，身体缩小，后化名为江户川柯南，暗中调查谜团重重的黑暗组织。 　　知道我真实身份的人少之又少，然而在某一次案件中，偶遇一个神秘人，并且他竟然知道我的身份是工藤新一，为了调查真相，我们一行人前往与他会面，却得知了某些不为人知的存在，为了拯救世界，将与一个叫宇智波斑的忍者，共同阻止辉夜姬冲破封印。 　　唯一看透真相的是一个外表看似小孩，智慧却过于常人的名侦探柯南。 　　真相永远只有一个！