到了宋太宗至道三年997年，又复置御药院，掌按验秘方，调制药品供皇帝及宫廷之用。至于诸道州县，亦设医学博士助教，到了宋真宗咸平元年998年，从王禹所请，并令诸路置病囚院，以处徒、流以上重罪病囚，罪轻者则可以保外就医。

    至大中祥符二年1009年，又针对穷苦人民的治病问题，设专门的养病院。

    在药物的管理方面，朝廷也有熟药库、合药所的设置，宋神宗朝市易务又有卖药所，熙宁九年1076年将其合并，成立熟药所，掌修合、出售药物以供民间之用。凡官方药材的收购、检验、管理，药物的配制炮炙研究，成药的创制等等，均属其职掌，实际相当于国家药店。

    其后机构、职掌有所分合，名称亦有变更，但作为向民间出售药物的机构这一情况则始终未变。熟药所交易频繁，既方便百姓，又为政府赢利。元丰元年1078年时，当时的三司使便言称：“太医局熟药所熙宁九年开局，至十年六月，收息钱二万五千余缗，其息计倍。”

    然后到了本朝，赵官家更是因为奉行老蔡京的“丰亨豫大”之策，更是扩大了熟药所的规模，据清波杂志卷一二记载“神宗朝创置卖药所，初止一所，崇宁二年1103年增为五局，又增和
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