同治十一年（1872年），董福祥率部进军河州，打败甘肃回军马占鳌部，迫使马占鳌投降，被提拔为参将。董福祥在战斗中对待敌军十分凶残，“以鲜血染红顶子”这句名言便是出自董福祥之口。

    同治十二年（1873年）9月，董福祥进剿西宁回军，回军首领白彦虎连吃败仗，逃入中亚。

    光绪元年（1875年），左宗棠率大军以刘锦堂为先导，“董字三营”为主力，西征新疆，反击阿古柏侵略势力。“董字三营”系西北土生土长的部队，不惧风沙，冲锋在前，大破天山木里河、古牧地后，一举收复乌鲁木齐，攻克玛纳斯城，首战告捷。

    光绪三年（1877年）4月：左宗棠令诸军三路并进，直取南疆，董福祥率甘军翻越天山，急行军1200多里，攻克南疆门户达坂城，杀敌甚众。接着步马兼程，收复托克逊城，俘敌2万余众。五月，阿古柏被部下所杀，白彦虎向俄境逃窜。八月，清军开始追歼南疆残敌，董军任先锋，接连攻克喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等城，接着又马不停蹄，穿越人迹罕至的塔克拉玛干沙漠，收复了喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌以及和阗四城。至此，南北疆全部收复。阿古柏政权灭亡后，英俄对此并不甘心，仍然扶持残部
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