不断窜扰中国西部边境，董福祥率军驻守喀什噶尔，屡歼入侵之敌。

    光绪四年（1878年）1月，新疆除伊犁外，宣告占领全境。董福祥自此名震新疆，被叙为战功第一，加封云骑尉世职，任阿克苏总兵，赐号阿尔杭阿巴图鲁。

    光绪五年（1879年），布鲁特酋阿布都勒哈反叛，董福祥在两日一夜之内，率部急驰300余里，在木吉击溃叛军，歼敌2000余人。

    光绪十六年（1890年），擢为喀什噶尔提督，总统南疆军事，光绪十七年（1891年）调任乌鲁木齐提督。

    董福祥在新疆驻守19年，御敌戍边，兴修水利，开垦屯田，整修道路，政绩卓著，赢得朝野赞誉。

    光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发，董福祥晋尚书衔，奉旨率甘军入卫京师，屯驻蓟州一带，受到慈禧的接见和赏识。

    光绪二十一年（1895年），甘肃河州、湟中等地又爆发回族和撒拉族的农民起义，董福祥被任命为甘肃提督，率部进剿，平定匪乱后加封为太子少保，赏赐骑都尉世职。

    光绪二十三年（1897年），董福祥奉命率甘军进京。戊戌政变后，董军被编入武卫军，成为北洋三军之一。董福祥任
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