但在1613年发出了禁止信仰天主教的命令之后，对天主教教徒的镇压便越来越加残酷。

    苦于繁重苛捐杂税的3万7千天草农民终于在1637年揭竿而起，发动了历史上有名的“天草岛原之乱”起义。

    起义的开端是国家翌年强行命令锁国的重要原因之一。之后直至明治维新，天草一直是江户幕府的领地。

    1869年日本全国各地的诸侯将土地与统治民众的权利交还于新政府（天皇）。

    后由于废藩置县制度的推行，熊本藩在1871年改名为熊本县，人吉藩改名为人吉县，而天草则一时被编入了长崎县境内。

    在熊本相继成立了熊本医学校与熊本洋学校等。通过西洋文明的普及，推动了熊本现代化的进程，在1876年熊本县诞生了。

    与此同时，武士们对新政府的不满日益增大，年两年间武士们以熊本为主战场，分别发动了神风连之乱与西南战争。

    华军第一野战师第一旅第一团，加上一支炮兵营，一支师属骑兵连，总数只不过3000多人。

    而熊本城有10000多日本政府军，且多为精锐，要打下来，难度不小。

    幸好熊本城外面就是铁路线
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