统，改各卫的理问所为法司，千户所、卫所及丰州设三级法司，断案官皆称断事；地方系统，归化知府衙门、卫所指挥使司与法司、守备所各领政事、狱讼、兵事权，知府和指挥使未得大统领府授权，不得过问狱讼、兵事，千户所也一样，千户、断事、大队长各行其责。

    官制改革还划分了官员等级，官员分为九等，每等又分上、中、下三品，共二十七级，官员按等级享受俸禄。丰州太穷，拿不出太多的钱钞发俸禄，又规定了职田制，按官员等级分给土地作为职田，部分俸禄发钱钞，其他部分以职田收入代替，但职田与民田同样纳税，官职在则职田在，官职去则职田收回。

    总理政务处认为，官制改革后，财政支出将急增，大统领府的主要收入来自于商税，应调整税目、税率，增加商税收入，而农牧收获确定困难，征税花费太大，不如将田赋划归地方，从而减少大统领府对各卫所的补贴。

    军制改革方案则是讨价还价的结果，总理政务处坚决驳回了赞画军务处的扩军方案，要求保持四营步军、四营骑兵、一个飞虎营、一个铳炮营规模不变，每营仍然五百人，但作为妥协，同意给每个营不少于两千的预备兵，并按两个营的编制配属军官，以便在战事来临时迅速扩军，与此对
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