新帝后，开始陷害一些政见与他不合的皇族和大臣，将殷、庾两大强族的势力削除殆尽。

    东晋第八位皇帝，元帝少子，简文帝司马昱。371年十一月己酉日被桓温拥立为帝，完全听命于桓温。东晋自司马睿开国江左以来，一直处于士族门阀的轮流支配之下，形成门阀政治的格局，而除了元帝司马睿、明帝司马绍稍有作为以外，其他皇帝都是几乎傀儡般的存在。到了简文帝司马昱时，这种皇权不振、士族专权的局面更达到极点，桓温完全掌控了朝廷大政，连谢安都视其为“君”，史称“政由桓氏，祭则寡人”。第二年七月司马昱得了重病，连发四诏催促尚居姑孰的桓温入朝辅政，桓温故意推辞，简文帝遂遗诏“大司马温依周公居摄故事”，又说：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”此时的晋朝国运可以说到了千钧一发的地步，因为桓温完全可以凭借简文帝遗诏而篡晋自立，这是其他士族所不愿看到的。出身太原王氏的侍中王坦之迫简文帝同意将遗诏改为““家国事一禀大司马，如诸葛武侯（诸葛亮）、王丞相（王导）故事。”就在晋室命悬一线、不绝如缕的关键时刻，各家士族门阀联手阻止了桓温篡晋的阴谋，确保了司马曜的顺利即位及东晋王朝的延续。桓温原本指望简文帝司马昱去世前禅位
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