，他执掌的前半段时间正好是元朝的建立，元朝不是汉人的王朝，是蒙古人建立的，南疆人排汉，但是不排蒙，所以他大开通商之门，和蒙古人进行了大规模通商和交往，使得民生民计都有了大幅度的提升，百业兴盛，后来两朝战争爆发，苗一雄却拒绝了明军多次邀请，不仅继续排汉，而且坚持对元朝交好，这使得很多元朝势力得以在南疆发展，这就是为什么当初昆仑的“六蝶花”还有元扬他们要孤军深入南疆腹地去铲除元蒙势力的原因了。

    但是这一举措在当时引起了内部五大寨主的强烈不满，有部分寨主看出了中原形势，发觉元蒙势力节节败退，和明军交好势在必行，于是就谏言百中教要倒戈站在明军一方，这让苗一雄十分不满，于是采用了各种手段打压甚至铲除这一类有倒向明军汉人的势力，同时力排众议，让“教行”拥有了监视、处罚寨主的权利，一度让内部局势趋于紧张。

    在后来的十年里，朱元璋消灭了其他军阀，专心和元蒙决一死战的时候，苗一雄又大张旗鼓的支援元蒙，这一举措彻底激怒了教中的多为元老，这些人中有寨主，有各寨的寨佬等人，他们认为苗一雄的举措严重违反了当年百中教先人定下的“两不相帮、彻底自立”的规矩，不帮明军也就算了，竟然还私自放
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