乞敕问刑衙门从实严讯，崇焕曾否通书，龙锡曾否主谋，则擅权主款，罪状自不能掩矣。
    得旨“崇焕擅杀逞私，谋款致敌，欺藐君父，失误封疆，限刑部五内具奏。龙锡职任辅弼，私结边臣，商嘱情谋，互蒙不举，下廷臣佥议其罪”（《崇祯长编》卷37）
    八月十六，崇祯磔杀袁崇焕，并在平台召对宣谕其罪状“袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国，斩帅以践虎约，市米以资盗粮，既用束酋，阳导入犯，复散遣援师，明拟长驱，及戎马在郊，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，意欲何为，致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿，重辟何辞”。
    擅杀逞私、谋款杀帅、斩帅践约正式成为袁崇焕法定的罪名。
    支持袁崇焕杀帅的辅臣钱龙锡，则被削职论死，后减等戌边。
    而之前上疏盛赞斩帅的科道官“皆罢斥”，毛羽健、毛九华、王应斗更被判以谪戍。
    崇祯对毛文龙功罪一直了然于心，他虽然顺应“斩帅践约”的朝议，将擅杀大帅作为袁崇焕的一大罪状，但是他并不认为毛文龙罪不当诛。
    当毛文龙党羽藉袁案订立之际，为毛文龙翻案，马上遭到崇祯的训斥。
    崇祯三年六月，“前东江副总兵毛承禄诉父文龙之冤”，声称
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