毛帅，此朱亥伎俩也，谁为画此策者？毛帅在诸岛中，不知海外情形，不审牵制果否得力。但以私臆度之，帅即无功，亦似无罪。
    贪悍二字，乃将官本等。况招商屯种，亦是着数利之所在，精神血气往焉。何以忌为働之？”（王思任《简茅止生》）
    这个说法代表着当时人对斩帅的一种异论。
    而有的人出于同乡之情更因此欲上疏弹劾袁崇焕。
    如崇祯二年正月曾经上疏为毛文龙诉苦的工部主事徐尔一于该年九月，“奏袁崇焕前后奏对，多相谬戾，且数其矫沼斩文龙，罪大不道，设十问诘之，留中”。
    《甬上耆旧诗》卷27《知事庄天目先生学曾》云“时经略尚书袁崇焕袭杀岛帅毛文龙，先生上疏劾之，所司匿其疏不为上”
    又《闽中理学渊源考》卷76《宗伯林平養先生欲楫》载“怀宗立，升礼部尚书掌詹事。朝议诛毛文龙，力言不可，与阁忤，假归三载，召修实录”
    这种异议的存在是必然的，因为袁崇焕的斩帅确实存在不小的问题。
    首先，毛文龙当时虽然跋扈不臣，但是反行尚未显露，很多人认为毛文龙只是糜饷无功、跋扈不受节制，他们并不清楚毛文龙的种种不法，而袁崇焕本人与毛文龙向有嫌
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